Wat is een Genome Browser?

Een genoom browser is een web interface die wordt gebruikt om de fysische kaart van een chromosoom. Deze kaart laat zien hoe veel DNA scheidt twee genen, zoals gemeten in basenparen. Menselijke chromosomen variëren in grootte van 50 miljoen tot meer dan 250 miljoen basenparen. Een genoom browser toont schematische voorstellingen van hele chromosomen evenals "ingezoomd" schema's van enkele genen en zelfs de werkelijke basenpaar volgorde.

Een genoom-browser kan de gebruiker om te bladeren in een chromosoom en zoom in op bepaalde locaties. Veel genoom browsers maken het mogelijk om in te zoomen op het niveau van het bekijken van de werkelijke DNA-sequentie, hoewel het werkelijke nut van een browser is in het vermogen om genen te bekijken in hun bredere context, in plaats van de DNA-sequentie uitzicht op de nucleotide niveau. De gemiddelde grootte van een gen is 3. 000 baseparen, dus als er ingezoomd op het basenpaar niveau, zal de gebruiker zien op minder dan een hele gen. De grootste menselijk gen, dystrofine, is 2,4 miljoen basenparen lang.

Naast het bekijken van schematische voorstellingen van genen, kan genoom browsers tonen ook andere nuttige informatie. Dit kan omvatten het gedeelte van het gen dat wordt vertaald in het eiwit, genaamd de mRNA, en DNA-sequenties die andere functies dan die coderen voor eiwitten hebben. Het genoom browser kan ook laten zien welke segmenten van DNA werden gebruikt in het proces van sequencing van het genoom.

Een groot aantal organismen hebben opeenvolgende genomen. Er is geen enkele browser die standaard is op het gebied van genomics, dus genoom browsers kan variëren tussen opeenvolgende genomen. Genoom browsers hebben de functie van het kunnen zoeken naar genen of sequenties van belang, zodat de gebruiker om te springen van de ene locatie naar de andere genoomonderzoek. Het zou niet efficiënt zijn om te bladeren in een chromosoom te krijgen naar een locatie van belang, vanwege de zeer grote omvang van de meeste chromosomen.

genoom Sommige browsers hebben tools genoemd gen sorteerders. Deze tool geeft een tabel van genen die gerelateerd zijn aan elkaar. De relatie kan een van de verschillende types: sequentie homologie, soortgelijke uitdrukking profiel, of genoom nabijheid. De gebruiker zoekt naar een gen met behulp van een woord of een zin, selecteert het soort relatie dat hij of zij zou willen, en het gen sorter worden de resultaten weergegeven van de zoekopdracht.